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La faune de Pandora est très importante, à la fois fascinante et dangereuse. La plupart des êtres vivants de Pandora sont des hexapodes, c'est à dire qu'ils possèdent 6 membres, excepté les Na'vis, les humanoïdes de cette planète. La Na'vis mesurent entre 2,70m et 3m. Les Nav'is du clan des Omaticaya (ceux mis en scène dans le film) habitent dans un gigantesque arbre appelé : Kelutral. Leur déesse nommée Eywa est elle aussi un arbre.
Equidius est mastodonde à 6 pattes que les Na'vis chevauchent pour chasser. Ils utilisent aussi les Ikrans (Banshees) pour chasser dans les airs. Mais un chasseur devient parfois une proie en présence du Grand Leonopterix.
Dans la canopée (étage supérieur de la forêt en contact direct avec l'atmosphère libre) rôdent d'autres prédateurs : les Loups Vipérins, le Titanosaure-marteau à carapace et le plus redoutable, Thanator.